מושג קיימוּת בחקלאות משמעויות רבות, ואחת מהן היא הקיום התקין והפעיל של הפעילות החקלאית לאורך ימים. לכן, קיום בהווה של מערכות חקלאיות במשך פרקי זמן של עשר שנים רק מרמז על סיכויי הקיימוּת ארוכת הטווח. אמצעים שננקטו לעודד קיימות לאורך זמן יכולים להגדיל את הסיכוי לקיימות שכזו. נוסף על כך, הפעילות החקלאית כיום יכולה להצביע על נהגים ועל תופעות המעודדים (או נוגדים) קיימוּתּ ומאפשרים למערכות החקלאיות להמשיך להתמודד בצורה תקינה עם אתגרי הזמן. בארץ מפקח המשרד להגנת הסביבה על תקינות החקלאות והסביבה, והוא אמור להתריע על התדרדרות סביבתית שנובעת מפעילות חקלאית בעייתית. משרד החקלאות ופיתוח הכפר נוקט אמצעים לעודד חקלאות תקינה וידידותית לסביבה תוך כדי אספקת תוצרת חקלאית באיכות גבוהה, שעומדת הן בתקנים חקלאיים וסביבתיים הן בתקנים בריאותיים מחמירים. ב-2010 פרסם המשרד אסטרטגיה לפיתוח בר-קיימא במשרד החקלאות ופיתוח הכפר, וב-2012 החל לפעול בּמַשרד האגף לאגרו-אקולוגיה וגידולי שדה, שאחת ממטרותיו היא קידום נושאים שישפרו את יחסי החקלאות והסביבה.
בפרה-היסטוריה היו בני האדם ציידים-לקטים – צורת חיים שיכלה לכלכל אוכלוסייה עולמית של כארבעה מיליון איש. התפתחות החקלאות אפשרה לאוכלוסיית בני האדם לגדול לממדים עצומים. כיום מכלכּלֶתֶ החקלאות המודרנית יותר משישה מיליארד בני אדם. מהמאה ה-19 גדל הייצור החקלאי בעקבות בירוא יערות והפיכת שטחי מרעה לשטחי עיבוד. השטחים ששימשו לחקלאות גדלו פי חמישה עד אמצע המאה ה-20, בד בבד עם גידול האוכלוסייה. בין שנות ה-40 לשנות ה-60 של המאה ה-20 התרחשה "המהפכה הירוקה", שהכפילה את יבולי הגרעינים בעולם, ותוך כדי כך הרסה בתי גידול טבעיים על המינים הייחודיים להם. נוסף על כך, השימוש המוגבר בחומרי הדברה ובדשנים גרם לזיהום מקורות המים והקרקע. היקף הכחדת המינים בחצי המאה האחרונה מתקרב לסדרי הגודל שהביאו להיעלמות הדינוזאורים לפני 65 מיליון שנים. הדילמה הניצבת בפני החקלאות העולמית היא כיצד לספק מזון לאוכלוסייה הולכת וגדלה תוך פגיעה מזערית במשאבי היסוד של החקלאות. כלומר – איך להבטיח חקלאות בת-קיימא.
ישראל תלויה בחקלאות העולמית, בעיקר לאספקת גרעינים לרפתות, ללולים ולעדרי הבקר לבשר. חלק ניכר מכוח העבודה בחקלאות בישראל מורכב מפועלים זרים זולים, ולכן משברים עולמיים בייצור החקלאי ותהפוכות פוליטיות עלולים לפגוע בחקלאות בארץ. אמנם נוכל לספק את רוב הדרישה המקומית לירקות ולפֵרות, אבל גם בתחום הזה, הפן הסביבתי של החקלאות יבלוט יותר מבעבר.
בסוף שנות ה-80 חל מפנה במצב החקלאות בארץ בגלל הפחתת הסובסידיות והרעת תנאי הסחר של גידולי היצוא העיקריים: הדרים וכותנה. מספר האנשים שפרנסתם בחקלאות המשיך לרדת, קרקעות חקלאיות, בעיקר במרכז הארץ, ננטשו, וחלק מהן הופשרו לבנייה. עם זאת, החקלאות והמחקר החקלאי המשיכו להתפתח. פותחו גידולים וזנים חדשים ליצוא. התוצר החקלאי הלאומי המשיך לגדול למרות הירידה בתשומות היסוד. לעת עתה, החקלאות מצליחה לשרוד בכבוד כספק של תוצרת טרייה וכמקור של יצוא, מצב שמשדר אופטימיות בדבר הקיימות שלה ותפקידה כחלק חיוני מדמות הארץ. עם זאת, התרחבות הפעילות החקלאית האינטנסיבית מסכנת את קיומה מבחינת נזקים לקרקע, למים, לאוויר ולמגוון הביולוגי. במערכות ההדרכה והמחקר בישראל מודעים לאתגרים הכרוכים בחקלאות בת-קיימא, ומשקיעים מאמצים להתמודד עמם. דרך בטוחה יותר לשמר את חיוניות הקיום של החקלאות, להחזיר את עושר המינים המסורתי וגם להבטיח את הקיום של חברה בריאה ותקינה בקנה מידה אזורי ולאומי. ייתכן שהחקלאות המשפחתית תשוב להיות צורת הפעולה החקלאית המקובלת בעתיד הרחוק יותר. לפיכך, גם קנה המידה של הייצור החקלאי אינו בהכרח בר-קיימא, במיוחד אם נביא בחשבון את ההשפעות האקולוגיות השליליות של המשק המסחרי הגדול.