בקעת בית נטופה, הבקעה האחרונה שלא נוקזה, משמרת נופים ובתי גידול שהולכים ונעלמים. השימור התאפשר בזכות חקלאות שנותרה כפי שהייתה בעבר: חקלאות בעל, חלקות קטנות ובהן מגוון גידולים ושיטות עיבוד מסורתיות וללא בינוי. ההצפות העונתיות, תורמות אף הן למגוון הביולוגי הייחודי של הבקעה. לצד ההכרח לשמר את הבקעה ואת ערכי הטבע והנוף שבה, קיים הכרח לשנות את יכולתם של בעלי האדמות להתקיים מגידולי חקלאות בבקעה, יכולת שנפגעה בשל שנים של קיפוח, היעדר תשתיות מים ודרכים והיעדר ניקוז. רשות ניקוז ונחלים קישון מובילה בשנתיים האחרונות תהליך תכנון בשיתוף ציבור המשנה את תמונת המציאות בבקעה. שיטות: טרום תכנון נעשה תהליך מעמיק של בירור צרכים בשיתוף עם כל בעלי העניין. התהליך יצר תשתית חדשה לבניית אמון בין בעלי האדמות והרשויות המקומיות לבין מוסדות המדינה וסייע להמשך התכנון. תהליך התכנון עצמו כלל: יצירת מפת ערכיות לבקעה, סקר קרקע, ניתוח הידרולוגי ודיונים רבים בין יועצים מדיספלינות שונות ובשותפות עם בעלי עניין במטרה לגבש פתרונות רחבים ויצירתיים לקונפליקטים. סה"כ כלל תהליך התכנון כ-60 מפגשים וסיורים עם בעלי עניין וציבור ומפגשי חשיבה ותכנון רבים של צוות התכנון ובעלי עניין ושותפים.